Подунаско - немачки црквени музеј у Апатину основан је 2001. године у цркви Срце Исусово у Апатину. Бави се сакупљањем библиотешке, архивске и уметничке грађе из бивших немачких насеља у Војводини. У цркви и оближњој жупној кући установљена је библиотека, архив и музеј са изложбеним простором. Поред обиља уметничког материјала и архивске грађе, сакупљено је око 20.000 књига и више од 10.000 комада разновсрне углавном црквене немачке периодике. Књиге потичу углавном из напуштених жупних библиотека како из католичких тако и из протестанских цркава у Бачкој.

Поред црквених библиотека сакупљено је и неколико приватних библиотека из Апатина. Сређивање библиотека и њена каталогизација трају већ годинама и до сада је каталогизирано око 10 000 књига као и сва периодика. У збирци се налази и мноштво књига које потичу из разних самостанских библиотека у Угарској који су на подручје Бачке дошле по доласку језуитских и других монашких редаова у периоду секуларизације у Угарској половином 18 века. Збирка садржи књиге у дијапазону од 16 до 20 тог века. Медју старом и ретком књигом налазе се и неки раритетни примерци књига који су јединствени на овим просторима. Свакако је једна од нај значајнијих књига је Историја Мађара од Антонија Бонфинија из 1604. године, затим Стари завет за слепе људе направљен 1851. године у Штудгарту као и Коран из 1841. године на немачком језику. Поред верске књиге из различитих области у библиотеци су сачуване и многе профане књиге из 18 и 19 века које добро осликавају читалачке потребе немачке заједнице у Војводини.

Ова јединствена библиотека отворена је за истраживаче из земље и света и свакодневно је посећена како од туриста али и истраживача. На сајту музеја www.danubeswabianmuseum.com у делу библиотека www.danubeswabianmuseum.com/biblioteka видљиве су две базе података са више од 8.000 књига. База података из ове библиотеке могуће је претраживати у просторијама библиотеке у Апатину.